Урхо Нестерович Руханен родился 30 июня 1907 года в Лампосаари (ныне поселок относится к городу Лаппеенранта, Финляндия) в семье рабочего лесозавода. В 1913 году семья Руханен переехала в Россию, в Невскую Дубровку недалеко от Петербурга. В 14 лет У. Руханен начал трудиться на лесозаводе, в 1922 году по комсомольской путевке приехал в Петрозаводск учиться в педагогическом техникуме. По окончании техникума в 1926 году он был оставлен на преподавательской работе. С 1928 года Урхо Руханен – студент, а потом – аспирант Ленинградского педагогического института им. А. И. Герцена, где в 1931 году одновременно с учебой в аспирантуре стал преподавателем финской литературы.
Одновременно с педагогической деятельностью в эти годы началось его литературное творчество: в 1931 году в журнале «Puna-kantele» («Красное кантеле») была опубликована первая его статья «Вновь о форме и содержании», с 1932 года он занимал должность ответственного редактора журнала «Rintama» («Фронт»), который с 1934 года издавался в Петрозаводске. В том же 1934 году У. Руханен был принят в Союз писателей.
В 1933 году Урхо Нестерович был направлен в Карельский педагогический институт преподавателем финской и западной литературы. Преподавательскую работу он совмещал с подготовкой учебников и составлением хрестоматий для финских школ Советского Союза, переводами на финский язык учебной и художественной литературы. Его перу принадлежат многие критические и литературоведческие статьи.
В 1937 году в связи с запрещением преподавания на финском языке в учебных заведениях и закрытием журнала «Rintama» У. Руханен был уволен с работы. В числе прочих литераторов-финнов он был обвинен в буржуазном национализме и исключен из Союза писателей. Урхо Нестерович уезжает из Петрозаводска в Ленинград, где получает назначение преподавателем финского языка в педагогическом техникуме города Красногвардейска (ныне - Гатчина).
В 1938 году был арестован по ложному обвинению. В тюрьмах и лагерях он провел 8 лет. Освободившись в 1946 году, уехал к семье в Красноярский край, откуда вернулся в Карелию.
С 1947 по 1961 год У. Руханен работал в Ведлозере директором школы. Только в 1956 году, после 20 съезда партии, он был полностью реабилитирован, получил право жить в Петрозаводске, был восстановлен в Союзе писателей.
После переезда в Петрозаводск в 1961 году и до выхода на пенсию трудился редактором в финской редакции издательства «Прогресс». Им были переведены на финский язык произведения В. Беляева, В. Закруткина, Я. Коласа, В. Катаева, З. Воскресенской, М. Шагинян, В. Быкова, Э. Войнович и других писателей. Урхо Нестерович Рухонен является первым советским исследователем творчества А. Киви, Ю. Ахо, М. Канта и других классиков финской литературы.
Многие годы У. Рухонен входил в редколлегию журнала «Карелия». В 1980-х годах он начал писать мемуары, которые были изданы в 1987 году на финском языке, а в 1991 году – на русском.
За заслуги в области литературы Урхо Нестерович Руханен был награжден Почетными грамотами Президиумов Верховных Советов РСФСР и Карельской АССР, медалями. Ему присвоены почетные звания заслуженного работника культуры Карельской АССР, почетного гражданина города Петрозаводска (2001).